對于地方政府來說，小產權房在建設與交易過程中沒有經過國家征收等程序，各級政府很難針對小產權房的開發過程征收相應的稅費或獲得土地出讓金。因此，有些嚴重依賴“土地財政”的地方政府對小產權房的開發加以不同程度的限制，一些城市甚至禁毀了部分小產權房建設項目。
游走于合法與非法之間的小產權房
一般認為，催生小產權房的主要原因是城市房地產價格居高不下。小產權房最吸引人的地方在于價格優勢。很多大城市的房價長期快速上漲，超出了當時當地一般就業人員的收入水平。而政府經濟適用房、廉租房的建設卻無法滿足住房需求，小產權房存在著大量現實的購買群。
現行土地制度也為農村集體建設用地流轉留有空間。蔡繼明指出，《中華人民共和國土地管理法》第43條規定：“任何單位和個人進行建設，需要使用土地的，必須依法申請使用國有土地；但是，興辦鄉鎮企業和村民建設住宅經依法批準使用本集體經濟組織農民集體所有的土地的，或者鄉（鎮）村公共設施和公益事業建設經依法批準使用農民集體所有的土地的除外。”第62條規定：“農村村民出賣、出租住房后，再申請宅基地的，不予批準。”
這就是說，在農村集體所有的宅基地和集體建設用地上，農民可以自行經營，農民自建的住房也是可以進行交易的。
國土資源部的一位副總督察曾突出說明：“建設使用農村集體土地，法律規定只有四種情況：一是農民的宅基地，二是農村公共設施的用地，三是農村興辦的村辦企業或者聯營企業，四是根據擔保法，使用農村集體用地抵押權實現的時候可以允許。除此以外，都是現行法律不允許的。”那么，在這四種情況下建小產權房，就不涉及所謂“違法”的問題。
